راجع به ضرورت طرح مساله حقوق مردم در حاکمیت دینی از دیدگاه حضرت امام کار زیاد شده است. موسسه هم به سهم خود نیز کتابها و مقالات زیادی از جمله کتاب تبیان موضوعی نقش و جایگاه مردم در اندیشه امام خمینی را منتشر کرده. همچنین در گذشته همایشی بین المللی تحت عنوان حکومت اسلامی در اندیشه امام برگزار کرده‌ایم که در آن‌جا بحث‌های علمی خوب و شرح و تبیین‌های مناسب و درخوری صورت گرفته و مجموعه مقالات آن نیز در دهها جلد منتشر شده است. یکی از کلیدی‌ترین مفاهیم در باب اندیشه سیاسی حضرت امام، بحث از نقش مردم در حاکمیت و حق آنان در تعیین سرنوشت سیاسی خویش است. در این نگاه مردم در عرصه‌های مختلف دارای حقوق هستند، که مهمترین آن حق مردم در عرصه تأسیس نظام سیاسی و تعیین ساختار حکومت اسلامی است. یعنی مردم در فرایند ایجاد ساختار دینی نقش دارند و حق اعمال حاکمیت دارند و از رهگذر آرایی که برای تعیین نوع حکومت و قانون اساسی آن و تعیین و انتخاب مصادر عالی نظام، از ولی فقیه (با انتخاب خبرگان) بعنوان رهبر نظام گرفته تا انتخاب رئیس قوه مجریه (بعنوان دومین مقام رسمی کشور) و انتخاب نمایندگان مجلس برای تصویب قوانین جاری کشور و انتخاب اعضای شوراهای اسلامی شهر و روستا حق حاکمیت خویش را اعمال می کنند. علاوه بر این در روند امور جاری کشور نیز حق نظارت دارند که از طریق منتخبین آنان در نهادها و مصادر مذکور اعمال می شود. در آثار و اندیشه امام خمینی این حقوق به روشنی به رسمیت شناخته شده است و در قانون اساسی نیز که به تأیید و تنفیذ حضرت امام بعنوان رهبر کبیر انقلاب و بنیانگذار نظام جمهوری اسلامی رسیده تصریح شده اند. مردم و حکومت و حاکمان در اندیشه سیاسی امام دارای حقوق متقابل ، و به تبع آن دارای مسئولیتها و تعهدات متقابل می باشند. امام خمینی بارها با صراحت تمام فرموده است که حکومت مطلوب اسلامی مبتنی بر رأی و نظر و بیعت مردم و مشارکت آنان در انتخابات آزاد و بدون تحمیل است. هر چند که در اندیشه دینی حضرت امام اصل مشروعیت منصب زعامت حکومت اسلامی منوط به اذن و نصب شارع مقدس (که سلطنت و حاکمیت حقیقی از آن اوست) می باشد و بر اساس ادله نقلی و عقلی که حضرت امام در باب ولایت فقیه بیان کرده اند در دوران غیبت – که کسی با نام و نشان و بعنوان شخص معین و نام برده شده برای امامت مسلمین معرفی و منصوب نشده است – به استناد روایات و دیگر ادله شرعی و عقلی، این منصب به فقهای عادل واجد شرایط واگذار شده است و افراد واجد شرایط پس از احراز آن دارای ولایت فعلیه برای تصدی این منصب می باشند اما تصدی این منصب – در دوران غیبت – بنا به تصریح حضرت امام خمینی قطعا نیازمند بیعت مردم و رأی اکثریت است. بنا براین بین نظریه ولایت فقیه حضرت امام که نصب و اذن عام معصومین (ع) دخالت تام در مشروعیت تصدی زعامت جامعه دارد با قائل شدن حق دخالت مردم در تعیین سرنوشت سیاسی (که حاکمیت مهمترین رکن آن است) و حق انتخاب آنان در تعیین حاکم و حکمرانان نه تنها منافاتی ندارد بلکه شرط شرعی لازم برای تکمیل پروسه تصدی منصب زعامت و رهبری مشروع در حکومت دینی است. این تفکر و جریان کامل این اندیشه در نظریه ولایت فقیه در آثار علمی و بیانات حضرت امام به تفصیل آمده است. پس اجمالا می توان گفت که در سطح کلان اندیشه سیاسی حضرت امام – صرف نظر از مناقشه هایی که در باب اجزای این اندیشه و استدلال بر آن و نحوه اثبات و اجرای آن ممکن است مطرح باشد - به رسمیت شناختن حق دخالت، مشارکت و نظارت مردم در حکومت یکی از دو رکن مهم نظام سیاسی مشروع می باشد.